创新基地实行理事会领导下的管理委员会主任负责制，下设秘书处作为执行机构，设立专家委员会作为基地的咨询评估机构。
创新基地下设七个中心：
1、技术标准化研究中心：负责水环境领域重点技术标准化发展战略研究，组织实施基地技术标准化项目，促进科技成果向标准转化。
2、 标准创新中心：负责基地标准化机构的日常管理以及各类标准研制及国际国内标准转换工作。
3、标准试验验证中心：负责基地标准试验验证、符合性测试及标准质量管理等工作。
4、标准应用推广中心：负责标准发布后的应用与推广，包括标准宣贯、标准化技术及产品产业化/市场化、标准实施效果评价等工作。
5、合作交流中心：负责与国内外高校、科研院所、企业、协会、标准化机构等开展交流与合作，开展水环境标准化知识科普教育、成果展示等工作。
6、标准化人才培养中心：依托产学研协同培养硕士、“一带一路”标准化大学联盟及国际技术转移中心、国际环境科学中心等，培养/培训标准化高端复合型人才。
7、 综合服务中心：作为基地的日常管理部门，负责日常行政/财务/人力资源等事务，包括财务管理、文书档案、后勤保障、安全保卫等工作。
